黄檗山门
住持黄檗山
崇祯九年（1636年）春，费隐通容离开黄檗山，到建安县的莲峰院任住持。同年夏天，黄檗山的耆旧和檀越林心弘等，请当时在狮子岩打禅坐佛的隐元禅师回黄檗山继席费隐的席位。次年五月，时任侍御的林汝翥联合乡绅林守赈、林朝龙、林景台、林伯春、林正立、夏春晖、龚士龙、吴承启、林茂辉、林鼎新、林茂枝、林廷栋以及黄檗寺里的众僧给隐元作信，恳请他回黄檗寺住持。同年十月一日，黄檗山祝国堂庆典，隐元禅师回到了黄檗山，十方丛林数百名僧人闻讯前来祝贺。时隐元禅师46岁。从29岁出家到46岁住持黄檗寺，隐元禅师只用了17年的时间。
黄檗寺最初于唐太宗贞观五年（631年），由六祖慧能的法嗣正干创建。建寺之初名为“般若堂”.唐德宗时，德宗皇帝敕名为“建德寺”.宋朝时期为黄檗寺鼎盛时期。随后，从元代开始，黄檗寺走向衰落。明洪武二十三年（1390年），时任住持的大休在莆田檀越周心鉴的捐助下，重修了法堂、大雄宝殿、天王殿、伽蓝殿、祖师堂、山门、积香厨、轮藏、十方寮舍等建筑。过了百余年，到了明嘉靖三十四年（1555年），倭寇一把火，几乎烧毁了寺里的全部建筑物和经书。当时记载，到了明穆宗隆庆年间（1567年-1572年），中天正圆住持黄檗寺时，全寺只有两三间的小屋。中天正圆于万历二十九年（1601年），只身上京，奏请神宗皇帝钦赐《一切藏经》给黄檗山。正圆禅师为此在京8年，最后圆寂在北京的长荣茶庵，时年69岁。正圆圆寂后，他的法孙鉴源兴寿、镜源兴慈继承正圆之志，又在京坚持6年，终于于万历四十二年（1614年），在叶向高代为奏请的帮助下，神宗皇帝赐给黄檗山《一切藏经》678卷和搬运费用计黄金300两，并敕名改“建德寺”为“黄檗山万福寺”.
次年（1615年），鉴源、镜源肩负起复兴黄檗寺的重任，重建了伽蓝殿，并在法堂旧址重建大雄宝殿，在大雄宝殿的前廊修建了月台，在月台的南侧新建了藏经阁，收藏《一切藏经》。还有，为了纪念叶向高的代为奏请之功德，鉴源在大雄宝殿的东侧建了择木堂，并安放了叶向高的塑像。与此同时，鉴源还把旧佛堂移至大雄宝殿的西侧方丈寮的位置。镜源于万历四十六年正月二十五日圆寂，鉴源于天启六年（1626年）正月十日圆寂。时隐元35岁。隐元是于万历四十八年二月师从鉴源禅师出家的。鉴源、镜源圆寂后，崇祯二年，（1629年），隆必、隆瑞新建了大雄宝殿左右的东西客堂。但是，不论是哪一任的住持，都无法重振黄檗宗风。复兴黄檗宗风的重任，就落在了隐元的肩上。
重兴黄檗寺
在隐元接任黄檗寺住持的那年十二月，隐元带领众僧在黄檗山卧云庵的周围，植下了数万株松树，并把“卧云庵”改名为“万松庵”.次年春天，隐元以千日为期限开阅《一切藏经》，直至崇祯十三年（1640年）结束。为了纪念中天正圆奏请神宗皇帝赐藏经之恩德，隐元建造了“中天祖塔”和“梅福庵”,并在梅福庵里安放中天与诸耆旧的牌位，以祀供奉。
在开阅藏经的同时，隐元开始了大规模重兴黄檗寺的规划。他找到了崇祯八年十二月古黄檗建筑图，古黄檗图上的古三门、天王殿、寺门、藏经阁、大雄宝殿是并列建在一条线上。其依次的顺序是：大殿的左方是东客堂与择木堂；右方是西客堂与方丈寮；殿的前方为禅堂；右前方为斋堂。寺门的左前方是钟楼，右前方为鼓楼。天王殿的左前方是伽蓝堂；右前方是祖师堂。外拱桥内有览秀阁，桥外有环翠亭；古三门内有纪游亭等建筑物。崇祯十三年（1640年），隐元开始了重建工程。他在大雄宝殿旧址上重建大雄宝殿，把过去的大雄宝殿改为法堂，藏经阁移到了西廊的后面，在云厨的前面新建了斋堂。经过4年的努力，黄檗山的殿、堂、楼、阁、寮、房的兴造基本结束。隐元的弟子独往性幽在重修《黄檗山寺志》时写道：重修后的黄檗寺建筑物有方丈、择木堂、大雄宝殿、法堂、禅堂、学事堂、云水堂、应供堂、藏阁、钟鼓楼、刷印楼、库司寮、东廊、西廊、首座寮、化主寮、西堂寮、书记寮、知客寮、典座寮、杂务寮、什物寮、行堂寮、米房、礁房、茶房、小菜房、园房、田房、圊房、浴房、直牲房、牛房、三门、纪游亭和茶亭。
清顺治三年（1646年）正月二十五日，隐元再次回到了黄檗山，直到顺治十一年五月为止，隐元在黄檗寺居住了9年又4个月。回山两年后，隐元开始黄檗山的庵和塔的建造。顺治五年冬，他修造了“海会塔”.顺治七年，在寺的左边建造翠竹庵。次年，在桑池园的左边重修“上善塔”、寺的左方狮子峰建“狮子庵”、寺的前方吉祥峰的右边建造“水月庵”.顺治九年，在寺院的后面罗汉峰的左边建造“绛节庵”.在这之前，狮子峰东边的“白马庙”和香炉峰后的“三宫庵”,因年久失修，而成为了民宅。隐元从村民手里把它买下，并于顺治六年与八年，重修了“三宫庵”和“白马庙”。
添置400亩田产
不仅如此，隐元还为寺院购置了大量的田产。据《黄檗寺志》记载，在第一次住持黄檗寺期间，购买的田亩有寺前田24亩、熨斗田10亩和6亩的园池、梨洋田10亩、南洋横洋田9亩7分、陈白田8亩、宅角田31亩，加上附属的园池等，共计有百亩田产。第二次住持期间，他把黄檗寺院的田产扩大至寺前田24亩、军民田8亩、熨斗田10亩、梨洋田10亩、南阳田160亩、黎湾洋田56亩、牛队洋田20亩、东满洋田13亩、陈白洋田45亩、桑池园5亩、熨斗园6亩、塔头畲园5亩、铁炉墩园4亩、三官垅园5亩，再加上万松庵、三官庵和东岳塔院等地的园池，在隐元住持黄檗寺的前后17年间，他为黄檗寺添置的田产有400余亩。这些田产为在荒灾年艰难岁月里的黄檗众僧，提供了免遭挨饿的生存保障。
隐元禅师从崇祯十年十月入主黄檗寺，到清顺治十一年五月，中间除了外出1年10个月外，在黄檗山，他度过了整整15年的时间。在这15年间，他重修了黄檗寺院、伽蓝寮舍、庵塔，使黄檗寺焕然一新。他还为黄檗寺购置了众多的田产，确立了黄檗寺的经济基础。在他住持期间，黄檗寺的僧人从初期的三四百名僧人拥挤在云水庵居住，到顺治八年僧众达千人，他使黄檗山万福寺名扬天下，而成为福建东南一大禅林。隐元禅师的功绩，确实是功德无量。
隐元在住持黄檗寺的时间里，他培养出12名十分有作为的法嗣弟子。他们分别是也懒性圭、良冶性乐、中柱行砥、木庵性瑫、虚白性愿、即非如一、心盘真桥、三非性彻、无得海宁、玄生海珠、西岩明光、慧门如沛。在这12人当中，除了也懒性圭于顺治八年东渡溺死、玄生海珠于同年圆寂外，无得海宁为宁德玉像山龙华寺、西岩明光为长乐法华寺、慧门如沛为福清狮子岩、良冶性乐为闽侯旗山寺、中柱行砥为福清三山圣泉寺、木庵性瑫为福清敛石太平寺、即非如一为闽侯雪峰崇圣寺、心盘真桥为福州城内补山万岁寺等寺院的要职。
隐元齿发塔上写着：临济正宗第三十二世重兴黄檗隐元琦大和尚齿发塔
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